Afin d’assurer la surveillance de la qualité de l’eau distribuée, BRL Exploitation dispose de deux niveaux de contrôle principaux: les analyses réalisées dans le cadre du suivi sanitaire demandé par les Délégations territoriales de l'Agence Régionale de Santé (ARS) et un programme d’autocontrôle complémentaire réalisé avec le concours de laboratoires agrées indépendants.
Dans le premier cas, 40 analyses sont réalisées annuellement sur les ressources du réseau hydraulique régional, dont 25 sur les canaux. Ces analyses portent sur environ 230 paramètres, dont plus de 100 produits phytosanitaires et plusieurs dizaines d'autres micropolluants organiques.
Le Ministère de la Santé met en ligne, sur son site, les résultats du contrôle sanitaire effectué dans ce cadre, par Département et par commune.
BRL Exploitation fait également effectuer, par des laboratoires agréés indépendants, des analyses complémentaires au programme officiel: systématisation du suivi des bactéries fécales, prise en compte de nouvelles molécules phytosanitaires, suivi “légionelles”, cyanobactéries, etc.
Compte tenu de ses prélèvements dans le Rhône, BRL a souhaité par ailleurs, développer une information spécifique sur l'état des connaissances et des analyses effectuées suite à la pollution du fleuve par les PCB (voir rubrique Infos PCB).